《末日孤舰》第一季改编自威廉·布林克利的同名小说，背景设定在近未来，一种名为“红流感”的致命病毒爆发，全球八成人口感染，半数以上死亡，文明社会迅速崩溃。海军驱逐舰“阿利·伯克”号因执行北极任务而幸免于难，舰长汤姆·坎德勒在得知世界巨变后，带领船员们踏上归途，却发现家园已面目全非。

舰上微生物学家蕾切尔·斯科特博士发现，这艘舰艇上可能藏有病毒的解药线索。然而，他们不仅要对抗病毒本身，还要面对其他幸存者团体的掠夺与野心。俄罗斯潜艇、叛变军方、以及一个试图利用病毒重塑世界的疯狂组织，都成为舰队的致命威胁。

坎德勒船长在绝望与希望之间挣扎，他必须做出艰难抉择：是优先保护船员，还是冒险拯救全人类？随着航程推进，船员们逐渐发现，真正的敌人不仅是病毒，更是人性在极端环境下的扭曲与挣扎。本剧以紧凑的节奏、真实的军事细节和紧张的海战场景，描绘了一幅末日下人类求生的壮烈画卷。