《燕子李三传奇》以民国初年北京城为背景，讲述身怀绝技的侠盗李三跌宕起伏的一生。李三自幼失去双亲，由师叔法晦禅师抚养成人，练成一身轻功与武艺。为寻找被恶霸强行卖掉的发妻金兰，他孤身闯荡京城，却因生计所迫，屡次铤而走险，成为名震一时的飞天大盗。

李三虽行窃为生，却秉持侠义之心，专取不义之财，接济贫苦百姓，因此深得底层民众拥戴。然而，他的行动也引来军阀、黑帮与警方的多方围剿。在一次次生死较量中，李三结识了江湖各色人物，经历友情、背叛与爱情的重重考验，逐渐认清乱世中个人力量的局限。

随着时代变迁，李三的侠盗生涯愈发艰难，他不得不在个人恩怨与家国大义之间做出抉择。最终，这位传奇人物在时代洪流中走向悲壮的归宿，其故事也化作京城百姓口耳相传的民间传奇。