杰西卡·琼斯依旧在纽约地狱厨房的阴影中游荡，用酒精麻痹自己，用尖刻言语推开所有人。然而，一桩新案件将她拖入更深的漩涡——她发现自己的母亲阿尔瓦并未死去，而是被实验改造为拥有再生能力的“强化人”。阿尔瓦的出现揭开杰西卡超能力来源的真相：她曾是IGH组织的实验品，而该组织仍在暗处活动，制造更多像她一样的“怪物”。

杰西卡在追查IGH线索时，遭遇了拥有精神控制能力的继父，以及同样被改造的姐姐崔西的转变。崔西渴望成为英雄，却因注射血清而失控，逐渐暴露出暴力与偏执的一面。姐妹俩的关系从信任走向对立，最终爆发激烈冲突。

与此同时，杰西卡在帮助委托人调查一桩失踪案时，发现自己被过去的受害者家属追讨责任，而紫人的阴影也再次浮现——即使他已死，他的录音与操控手段仍被他人利用。杰西卡必须在保护母亲、阻止崔西、摧毁IGH残余势力之间周旋，并最终接受一个残酷事实：她无法逃避自己的本性，只能选择如何用它去战斗。本季以崔西的背叛与杰西卡的孤独抉择收尾，为第三季埋下沉重伏笔。