海绵宝宝一直因个头矮小被蟹老板当作“小不点”，这让他耿耿于怀。为了证明自己的价值与胆量，他决定追随传说中令所有水手闻风丧胆的幽灵海盗——“飞天魔鬼”，踏上穿越深海的冒险之旅。

旅程远比想象中疯狂：他们遭遇会唱歌的巨型章鱼、闯入漂浮的幽灵船、破解古老的海盗谜题，还要对抗企图吞噬一切的深海暗影。海绵宝宝凭借乐观与机智，一次次化险为夷，也闹出无数令人捧腹的笑话。

在“飞天魔鬼”的亦敌亦友的考验下，海绵宝宝逐渐明白，真正的勇气并非无所畏惧，而是明知害怕仍选择前行。他不仅赢得了蟹老板的认可，更在冒险中收获了自我认同与坚固的友谊。

影片以欢快节奏和天马行空的想象力，将喜剧与成长主题巧妙融合，让观众在爆笑中感受温暖与力量，见证海绵宝宝从“小不点”蜕变为真正的深海英雄。