《星际之门：亚特兰蒂斯第一季》是《星际之门SG-1》的衍生剧，延续了星际之门宇宙的宏大设定。故事始于地球南极发现Ancient前哨站，科学家们通过星门坐标锁定飞马座星系中的亚特兰蒂斯城——那是Ancient离开地球后的首都要塞。由Elizabeth Weir博士领导的国际探险队，包括军事指挥官John Sheppard少校、科学家Rodney McKay博士等，穿越星门抵达这座沉没于海底的古老城市。

然而，探险队很快发现飞马座星系并非乐土。统治这里的幽灵(Wraith)以人类为食，拥有强大的生物科技和蜂巢舰队。更糟的是，探险队的到来意外唤醒了休眠中的幽灵，使整个星系陷入更深的危机。亚特兰蒂斯小队必须依靠有限的资源、Ancient遗留的技术，以及Sheppard少校偶然获得的Ancient基因，在敌众我寡的劣势下生存。

本季既包含对Ancient文明谜团的探索，也展现了团队在绝境中的智慧与勇气。从与当地人类文明的接触，到对抗幽灵的游击战，每一集都充满紧张刺激的科幻冒险。随着星门连接被切断，这支孤军深入的探险队能否在陌生星系中找到回家的路，成为贯穿全季的核心悬念。