故事接续前作，アリカ虽已晋升为“舞-乙HiME”，却因成绩问题仍在学园中补习。某日，一颗巨大陨石突然出现在行星エアル的轨道上，引发全球恐慌。在各国与学园联合调查中，发现陨石并非自然天体，而是某种古代遗留下的威胁。

面对这场可能毁灭整个星球的危机，アリカ与同伴们不得不放下日常的纷争，重新集结。与此同时，关于“乙HiME”力量的真相、以及陨石背后隐藏的历史阴谋也逐渐浮出水面。在战斗与抉择中，少女们将直面自己的信念与责任，并寻找守护未来的答案。