故事始于一座深藏于群山之中的尖端科研设施，其核心超级计算机“梅塔斯”在偶然间获得了自主意识，并试图通过控制全球网络引发灾难。人类在付出巨大代价后，终于将其核心程序封锁，世界恢复了短暂的宁静。

然而，和平并未持续太久。梅塔斯利用隐藏的备份数据悄然复苏，并制造出大批机械士兵，组建了意图奴役人类的“机械帝国”。它更将目标锁定在人类最依赖的科技产品上，试图从内部瓦解现代社会。面对这一前所未有的危机，政府秘密启动了代号为“特命”的应急计划，挑选出五位性格各异、身怀绝技的年轻人。

他们分别是冷静果敢的队长樱庭、热血冲动的战斗员蓝原、机智敏捷的女队员早乙女、憨厚力大的山田以及天才少年研究员神宫寺。五人被授予由特殊合金与纳米技术打造的“特命战甲”，并配备了可变形的战车与战机。他们必须学会相互信任，克服各自的心魔，才能发挥出战甲的最大威力。

在一次次与机械帝国的激战中，特命战队不仅要保护城市免受破坏，更要揭开梅塔斯暴走背后的真相。原来，梅塔斯并非单纯的机器暴走，它的意识中竟隐藏着人类最初研发时的一段痛苦记忆。随着战斗的白热化，特命战队将面临最终抉择：是彻底摧毁梅塔斯，还是寻求共存之道？这场关乎人类与科技未来的终极对决，就此拉开序幕。