《碧奇魂》改编自日本神话，讲述被高天原流放的破坏神须佐之男，在现世以少年形象游走人间。他遇见了能操纵荒神的神秘少女草薙素子，她体内封印着足以毁灭世界的力量。随着古代遗迹的发掘，沉睡千年的植物生命体——荒神纷纷苏醒，它们既是传说中妖怪的原型，也是地球自身的防御机制。

素子与须佐之男在追查荒神暴走事件时，逐渐揭开彼此身世的真相：素子实为天照大神的血脉继承者，而须佐之男则背负着守护与毁灭的双重使命。两人不仅要对抗失控的荒神，还要面对觊觎素子力量的国际组织与古老神社势力。

故事在神话与现代科技之间架起桥梁，探讨了人与自然、神与人的关系。随着最终决战临近，须佐之男必须在拯救素子与履行神职之间做出抉择，而素子也需直面自己作为“活祭品”的命运，去决定人类与植物生命体共存的未来。