铃原泉水子自幼在熊野古道玉仓山的古老神社中长大，由表姑紫子抚养。她拥有与生俱来的“言灵”能力，却因无法控制而封闭自我，甚至导致周围电器失灵。升入高中前，她因暗恋同学而偷偷改变发型，不料这微小举动竟引发灵力暴走，惊动了守护者相乐深行。

深行作为“山伏”一族的继承者，奉命保护泉水子并引导她觉醒。两人转入东京的凤城学园，这里聚集了各怀目的的异能者与古老家族后裔。泉水子逐渐发现自己是“姬神”的转世，而她的存在关乎人类与灵界、现代与传统的平衡。随着校园中神秘事件频发，泉水子必须在深行与神秘少年高柳一条之间做出选择，同时直面自身力量的代价。

面对濒危的物种、被遗忘的神明与即将崩坏的秩序，泉水子从怯懦少女成长为背负世界的“神之巫女”。她最终领悟，真正的力量并非支配，而是守护与共存，而那份最初的悸动，也成为她跨越命运的关键。