《百战天龙第三季》延续了该剧紧张刺激的基调，聚焦于年轻特工MacGyver在隐秘部门中的成长与挑战。本季中，MacGyver与团队成员Jack Dalton、Riley Davis以及新加入的伙伴们，面对来自国际恐怖组织、高科技犯罪集团以及内部间谍的多重威胁。每一集都围绕一个独立任务展开，MacGyver必须利用手边看似普通的物品——如回形针、胶带、化学试剂——通过巧妙的物理原理和创造性思维，设计出令人拍案叫绝的解决方案。

本季剧情在动作场面之外，更加注重人物关系的深度刻画。MacGyver与导师兼同事之间的关系面临考验，而Riley在黑客技术之外的个人情感线也得到拓展。此外，本季还通过闪回镜头，逐步揭示MacGyver童年及青少年时期的经历，解释他为何会形成如此独特的解决问题思维，以及他加入部门前的关键事件。随着季末临近，一个关于部门内部高层腐败的惊天阴谋浮出水面，迫使MacGyver必须在忠于组织与坚守个人道德之间做出艰难抉择，为下一季埋下强烈悬念。