故事发生在近未来的东京立川，网络社交平台“CROWS”成为人们生活的主轴，但随之而来的“MESS”却以实体化形态威胁城市安全。科学小飞侠作为政府秘密部队，负责消灭MESS并维护秩序，成员包括冷静的领袖尾崎健、战斗狂人橘清音、神秘少女派曼等。某日，自由奔放、思维跳脱的女高中生一之濑初被强行征召入队，她凭借“直觉”而非规则行动，常以出人意料的方式化解危机，却也频频与队友产生摩擦。

随着剧情推进，另一位关键人物——拥有极高人气的网络偶像“贝尔克·卡茨”登场，他主张通过“让所有人参与管理社会”来根除MESS，并迅速获得大众支持。初却发现，贝尔克的做法实则是在利用群体狂热掩盖更危险的意图。当城市陷入混乱，科学小飞侠内部理念分裂，初必须证明：真正的守护，不是依赖英雄或系统，而是唤醒每个人心中的自主判断与责任。最终，她以看似胡闹却充满人性的方式，引导市民正视自我，重新定义了“英雄”与“团结”的意义。