本片是《游戏王》系列首部剧场版动画，剧情紧接电视动画“决斗城市篇”之后。主角武藤游戏凭借“无名之龙”的力量屡次战胜强敌，但海马濑人却无法接受自己依赖游戏拯救的事实，他执着于击败游戏，并为此前往埃及探寻传说中的“光之金字塔”。这座金字塔并非普通遗迹，而是封印着足以毁灭“三幻神”与“无名之龙”的禁忌力量。

当海马在遗迹中唤醒金字塔后，现实世界开始出现异变，游戏与同伴们的卡牌纷纷失控，而游戏的另一个灵魂——法老王阿图姆也感受到了前所未有的危机。原来，光之金字塔是远古时代为了对抗法老王力量而创造的邪恶神器，它的苏醒不仅会剥夺所有决斗者的灵魂，还将使黑暗游戏彻底吞噬现世。

面对这场由宿命引发的浩劫，游戏与海马不得不暂时放下恩怨，共同迎战从金字塔中诞生的神秘敌人“阿努比斯”。在一场场惊心动魄的卡牌对决中，两人逐渐领悟到真正的友情与信任，最终凭借“无名之龙”与“青眼白龙”的联手，击碎了金字塔的诅咒，守护了世界的和平。影片以华丽的决斗场面和深刻的羁绊主题，成为游戏王迷不可错过的经典之作。