《进击的巨人第二季》延续了第一季的残酷世界观，聚焦于艾伦·耶格尔与调查兵团在墙外调查中的重大发现。故事从巨人的突然袭击展开，罗塞之墙被突破后，人类再次陷入生存危机。艾伦在战斗中意外觉醒巨人之力，成为人类对抗巨人的关键武器，但也因此遭到军队内部的质疑与监视。

本季核心围绕“故乡三人组”的揭露展开。莱纳与贝特霍尔德在绝望中自曝身份，原来他们就是铠之巨人与超大型巨人的持有者，而阿妮早已被囚禁。这一真相彻底击碎了艾伦与三笠、爱尔敏对同伴的信任，也让调查兵团面临前所未有的内部分裂。同时，尤弥尔与克里斯塔的身世之谜浮出水面，尤弥尔为保护克里斯塔而选择牺牲，揭示了墙外世界与巨人起源的更多线索。

在情感层面，本季深刻刻画了艾伦的成长与挣扎——他不再是单纯的复仇者，而是被迫思考“自由”的真正含义。三笠对艾伦的守护、爱尔敏的智谋，以及调查兵团团长埃尔文的决断，都在一次次生死战斗中展现得淋漓尽致。最终，艾伦在“坐标”之力下成功驱使巨人反击，却仍无法阻止莱纳与贝特霍尔德带走尤弥尔。墙内的人类开始意识到，真正的敌人或许并非巨人，而是墙外未知的世界与更深层的阴谋。第二季以艾伦望向大海的渴望作为收尾，为后续的宏大叙事埋下伏笔。