公元1999年，面临人口、资源、环境多重危机的人类社会，终于为携手开创新时代而实现统一，成立地球联邦政府，并发表人类宇宙移民计划。此后，为维护地球圈稳定，联邦军于2009年正式建立，然而宇宙殖民地的独立思潮与吉翁公国的军事扩张，却将和平愿景撕碎，一年战争全面爆发。

本片为剧场版三部曲的终章，承接前两作剧情，少年阿姆罗·雷驾驶高达，在经历无数生死考验后，逐渐成长为联邦军的王牌机师。然而，与宿敌夏亚·阿兹纳布尔的数次交锋，以及战友与平民的牺牲，让他深陷自责与迷茫。白色要塞号在孤立无援中，面对吉翁军精锐部队的疯狂围剿，阿姆罗必须超越自身的恐惧与愤怒。

在宇宙的深渊中，阿姆罗与夏亚最终正面相逢。这场对决不仅是MS战斗的巅峰，更是两人理念与命运的终极碰撞。本片以精炼的剪辑和重新制作的画面，浓缩了TV版后期的高潮剧情，并加入全新镜头，以壮烈的战争诗篇，探讨了人类在争斗中寻求理解与和解的可能，为经典的三部曲画上震撼而深沉的句号。