本片是《银河铁道999》系列中聚焦梅德尔身世之谜的特别篇，以交响诗形式重新演绎拉美特尔星的悲剧史诗。故事始于拉美特尔星球脱离千年公转轨道，注定被黑暗太阳吞噬的末日危机。为拯救子民，千年女王拉·安德罗米达·普罗米修姆接受天才科学家哈德基尔的提议，推行机械化人类计划，试图以机械之躯抵御严寒与饥荒。

然而，强制改造引发激烈反抗，女王的一对双胞胎女儿艾美拉达丝与梅德尔对此产生根本分歧。艾美拉达丝选择继承母亲意志，成为机械帝国未来的女王；而梅德尔则坚守人性本真，踏上流亡之路，最终与少年星野铁郎相遇，开启银河铁道之旅。影片通过宏大的交响配乐与唯美画面，交织母女、姐妹间的爱与背叛，探讨科技与人性的永恒冲突，为梅德尔的冷漠外表下埋藏的情感根源作出动人注解。