U.C.0097，地球圈在“拉普拉斯事变”后迎来脆弱的和平，两架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”亦随之瓦解。然而，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”却突然现身，其搭载的“精神感应框架”蕴藏着颠覆世界秩序的力量，引发地球联邦与吉翁残党余孽的疯狂追猎。

少年约拿·巴修塔曾是凤凰的测试驾驶员，与少女莉塔·贝尔纳尔有着不为人知的羁绊。当凤凰再次现世，约拿被迫卷入这场关乎人类未来的争夺战。在宇宙的黑暗中，凤凰的“拉普拉斯程序”逐渐觉醒，莉塔的灵魂与机体共鸣，揭示出超越时空的真相。

本片作为高达UC宇宙的延伸，以“可能性”为主题，融合了壮烈的机战场面与深邃的哲学思辨。约拿必须在友情、使命与全人类命运之间做出抉择，而凤凰的最终形态，将引导人类走向全新的未来。