2027年，新滨市街头，陆军501机关的真室中佐在众目睽睽之下被刺杀，死前正深陷军火交易贿赂丑闻。草薙素子——彼时仍隶属陆军特殊部队的精英义体人，与搭档巴特受命展开调查。然而，案件远非简单的仇杀：真室留下的加密数据指向一个名为“火种”的跨国黑客组织，其背后牵涉到政府高层、军火商与义体技术垄断企业的秘密交易。

素子在追查中发现，真室并非单纯贪腐的军官，他暗中掌握了足以动摇国家根基的“电子脑病毒”实验证据。与此同时，一支由前特种兵组成的雇佣兵小队开始对证人展开灭口行动，而素子的旧上司——荒卷大辅，则从幕后观察着这场混乱，试图物色组建一支独立于体制外的“幽灵部队”。

随着调查深入，素子不得不面对一个残酷真相：真室之死实为一场精心策划的“清洗”，而幕后黑手竟与军方高层有着千丝万缕的联系。在义体与灵魂的边界线上，素子被迫做出选择——是继续服从体制，还是为正义打破规则。最终，她与巴特、陀古萨等未来战友在枪林弹雨中集结，一场关于攻壳机动队起源的传奇就此拉开序幕。