故事发生在东京某条不起眼的闹市后巷，平凡高中生藤岛鸣海因一场意外目睹了街头冲突，从此被卷入非日常的世界。在同学彩夏的介绍下，他来到她打工的“花丸拉面店”，却意外发现当天那三个可疑人物竟是这里的常客——沉迷柏青哥的阿哲、自称军事专家的少校，以及隐居在拉面店二楼、足不出户的天才黑客少女爱丽丝。

爱丽丝自称“死神的代行者”，用一台笔记本电脑和网络情报网，替委托人解决警方难以介入的棘手案件。鸣海被强行拉入这个“花丸侦探团”，从黑帮火并到少女失踪，从网络诈骗到校园霸凌，他逐渐见识到都市阴影下的人性百态。随着调查深入，鸣海发现所有案件似乎都指向一本传说中的“神的记事本”，而爱丽丝的真实身份与过去也随之浮出水面。在一场场生死较量中，少年少女们用各自的方式守护着属于自己的正义，也找到了彼此存在的意义。